Para cambiar el password del usuario root de tu servidor linux utilizar el siguiente comando utilizando el usuario root:
root@localhost [~]# passwd
Changing password for user root.
New UNIX password: (coloque aqui su nueva clave)
Retype new UNIX password: (vualva a colocar aqui su nueva clave)
passwd: all authentication tokens updated successfully.
Ya que con eso el usuario root tendra configurado su nuevo password.